Το ΠΜΣ απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΜΣ) στις «Θρησκευτικές Σπουδές και Διαπολιτισμική Έρευνα» με τις εξής ειδικεύσεις:

1η Ειδίκευση: "Ιστορία, Θεολογία και Θεσμοί των Θρησκειών"

Α' Εξάμηνο:

• Μεθοδολογία Έρευνας και Επιστημονικής Συγγραφής
• Βιβλική Θεολογία και Διαπολιτισμικός Βίος της Μεσογείου
• Πατερική Θεολογία και Χριστιανική Ανθρωπολογία
• Ψηφιακές μέθοδοι ανάλυσης και κριτικής έκδοσης των βιβλικών χειρογράφων
• Η Εκκλησία της Ελλάδος ως Παράγοντας Εθνογένεσης και Πολιτιστικής Ταυτότητας
• Αρχαία Ελληνική Θρησκεία και Φιλοσοφία

Β' Εξάμηνο:

• Κανονικό Δίκαιο, Ιστορία και Θεολογία Οικουμενικών Συνόδων
• Ιστορία, Θεσμοί και Θεολογία του Ισλάμ
• Συγκριτικό Δίκαιο του Ιουδαϊσμού, του Χριστιανισμού και του Ισλάμ (Πηγές και Δίκαιο του Γάμου)
• Ιστορία και Θεολογία των Ανατολικών Θρησκειών
• Χριστιανική Θεολογική Γραμματεία και Αραβοϊσλαμικός Κόσμος
• Δογματική Συγκρότηση των Θρησκευτικών Παραδόσεων

2η Ειδίκευση: "Θρησκευτικός Πολιτισμός και Διαπολιτισμική Αγωγή"

Α' Εξάμηνο:

• Μεθοδολογία Έρευνας και Επιστημονικής Συγγραφής
• Επικοινωνιακή Θεολογία
• Βίβλος και Λογοτεχνικές Σπουδές
• Συγκριτική Θρησκευτική Θεματογραφία - Βίβλος και Τέχνη
• Ανατολικές Θρησκείες στη Δύση
• Πολιτισμική Ψυχολογία της Θρησκείας

Β' Εξάμηνο:

• Βιβλική και Πρώιμη Χριστιανική Αισθητική Έκφραση στην περιοχή της Μεσογείου
• Διαπολιτισμική Αγωγή και Συμπεριληπτική Εκπαίδευση
• Θρησκευτικές Εικαστικές Τέχνες
• Θέματα Φιλοσοφίας της Θρησκείας
• Θρησκευτική Ρητορική και Πολιτισμική Ποικιλομορφία
• Αξιολογική ανάγνωση αγιολογικών και υμνογραφικών κειμένων

3η Ειδίκευση: "Εφαρμοσμένη Θεολογία και Κοινωνικές Επιστήμες της Θρησκείας"

Α' Εξάμηνο:

• Μεθοδολογία Έρευνας και Επιστημονικής Συγγραφής
• Θρησκευτικά Δίκαια και Ανθρώπινα Δικαιώματα
• Η σχολική Θρησκευτική Αγωγή στον Δημόσιο Χώρο τον 21ο αιώνα
• Γεωπολιτική της Θρησκείας: Θεωρητικές Προσεγγίσεις και Πρακτικές Εφαρμογές
• Δογματική Παράδοση και Πολιτική Θεωρία
• Θρησκεία και Πολιτική Φιλοσοφία

Β' Εξάμηνο:

• Θεολογία και Λογοτεχνία
• Ιστορία Τέχνης Θρησκευτικής Θεματογραφίας
• Διάλογος Θεολογίας και Ψυχολογίας
• Θρησκείες και Οικολογία
• Θρησκεία, Ταυτότητα, Πολιτική και Μετανεωτερικότητα
• Νευροθεολογία και Γνωσιακή Ψυχολογία της Θρησκείας

4η Ειδίκευση: "Ηγεσία, Οικονομία και Δίκαιο της Εκκλησίας"

Α' Εξάμηνο:

• Μεθοδολογία Έρευνας και Επιστημονικής Συγγραφής
• Εκκλησιαστική Επιστολογραφία και Εθιμοτυπία
• Οργάνωση και Διοίκηση Εκκλησιαστικών Νομικών Προσώπων
• Εκκλησία και Κοινωνικά Δίκτυα Αλληλεγγύης
• Εκκλησιαστική Ηγεσία και Διαχείριση Ανθρώπινου Δυναμικού
• Κανονικό Δίκαιο και Αρχές Οικονομικής Διοίκησης και Αξιοποίησης Εκκλησιαστικής Περιουσίας

Β' Εξάμηνο:

• Θεολογική Επικοινωνία και ΜΜΕ
• Θεσμοί και Δομές της Εκκλησίας της Ελλάδος
• Θρησκευτική Διπλωματία και Ήπια Ισχύς: Τάσεις και Στρατηγικές
• Οργάνωση Ιεραποστολικής Δράσης και Διάλογος με τον Σύγχρονο Κόσμο
• Θρησκευτικός Τουρισμός και Ψυχοκοινωνική Συμβολική
• Εκκλησιαστική Προσωπογραφία και Πρότυπα Άσκησης Ηγεσίας